۱.  مقدمه

تشخیص مولکولی سرطان معده (GC) شامل شناسایی تغییرات ژنتیکی، اپی ژنتیکی و پروتئینی برای راهنمایی در تشخیص، پیش آگهی و درمان است. این روش به همراه آسیب شناسی سنتی، امکان درمان شخصی سازی شده را فراهم میکند.

۲.  نشانگرهای مولکولی کلیدی

• HER2/neu:  در ۱۵-۲۰٪ از موارد سرطان معده، به ویژه در ناحیه اتصال معده-مَری (GEJ) و نوع روده ای بیش از حد بیان یا تقویت میشود. آزمایش از طریق ایمونوهیستوشیمی (IHC) نمره دهی) ۰تا ۳+) و FISH برای موارد نامشخص(IHC2+) .
• ناپایداری ریزگردها (MSI)  : در ۱۵-۲۰٪ از سرطانهای معده وجود دارد و با سندرم لینچ مرتبط است. از طریق      PCR (بررسی جایگاههای ریزگرد) یا IHC برای پروتئینهای ترمیم ناهمسانی  (MMR) ، شامل,MLH1 PMS2،     MSH6وMSH2   ارزیابی میشود. تومورهای MSI-H به ایمونوتراپی (مانند پمبرولیزوماب) پاسخ خوبی میدهند.
• ویروس اپشتین-بار (EBV) : در ۸-۱۰٪ از سرطانهای معده از طریق EBER-ISH شناسایی میشود. این موضوع با جهشهای PIK3CA، بیان PD-L1 و نفوذ لنفوسیتی متراکم همراه است.
• بیانPD-L1 : با استفاده از) IHC نمره ترکیبی مثبت) برای پیش بینی پاسخ به مهارکننده های ایست ایمنی ارزیابی میشود.
• بار جهش تومور (TMB) : TMB بالا با اثربخشی ایمونوتراپی مرتبط است و از طریق NGS بررسی میشود.
• جهشهای ژنتیکی: جهشهای TP53 (شایعترین)، KRAS، BRAF، PIK3CA و MET در سرطان معده شایع هستند.  ادغامهای CLDN18-ARHGAP در نوع منتشر سرطان معده هدفگیری میشوند.
• سندرمهای ارثی: جهشهای CDH1 در سرطان منتشر ارثی معده، نیازمند آزمایش ژنتیک ژرملاین می باشد.

۳.  روشهای تشخیصی

• ایمونوهیستوشیمی (IHC) : شناسایی پروتئینهای HER2، MMR و. PD-L1
• هیبریداسیون فلورسنت درجا (FISH) : تأیید تقویت HER2
• PCR و: NGS    PCR برای MSI؛ NGS برای شناسایی جهشها، ادغامها و TMB
• بیوپسی مایع: تحلیل DNA تومور گردشی (ctDNA) برای پایش دینامیک و جهشهای مقاومت ( مانند از دست دادن HER2 پس از درمان).
• EBER-ISH : استاندارد طلایی برای تشخیص EBV

۴.  کاربردهای بالینی

• زیرگونه بندی: طبقه بندی TCGA شامل زیرگونه های EBV-مثبت، MSI، پایدار ژنومی و ناپایدار کروموزومی است که هر کدام پیامدهای درمانی متفاوتی دارند.
• درمان هدفمند: درمانهای ضد) HER2 تراستوزوماب)، مهارکننده های MET و درمانهای ضد2   
• ایمونوتراپی: مهارکننده های PD-1 برای تومورهای MSI-H و PD-L1+
• پیش آگهی: تومورهای MSI-H و EBV+ پیش آگهی بهتری دارند؛ جهشهای TP53 نشان دهنده تهاجمی بودن هستند.
• ارزیابی خطر ارثی: آزمایش CDH1 برای راهنمایی انجام گاسترکتومی پیشگیرانه در موارد خانوادگی.