کولیت اولسرو (UC) اولین زیر واحد بيمارى های التهابی روده است که به عنوان واحدی مجزا مشخص شده است، بنابراین تاریخ اولیه اين بيمارى، تاریخ کولیت‌اولسرو است اما این به معنی پدیدار شدن کولیت اولسرو قبل از بيمارى كرون نیست. در واقع هر دو بیماری قبل از اینکه طب نوین قادر به تمیز آن‌ها باشد باعث پریشانی بیماران مبتلا بوده‌اند.
قدیمی‌ترین توضیحات درباره کولیت‌اولسرو موضوعی قابل‌بحث است. گزارش‌هایی توسط پزشکان درباره اسهال مزمن ارائه‌شده که قدمت آن مربوط به یونان باستان است. حتی بقراط درباره اتیولوژی‌های احتمالی اسهال و علت‌های گوناگون بیماری دستگاه گوارش بحث می‌کند. در اوایل قرن نوزده فرانسوا ژوزف ویکتور و جان براون نظریه‌هایی را مطرح کردند که بر اساس آن همه بیماری‌ها، از التهاب دستگاه گوارش مشتق شده‌اند.
در سال ۱۹۳۲ بیماری كرون (CD) توسط آقای کرون و همکاران به عنوان یک نهاد مجزا از کولیت‌اولسرو به رسمیت شناخته شد. در واقع مشخص‌شد که در بسیاری از گزارش‌های مربوط به متون قبل از سال ۱۹۳۲، بیماری كرون اغلب با نام آماس منطقه‌ای روده دراز یا اسهال منطقه‌ای توصیف شده است اما با این حال مقاله کرون به عنوان مقاله اصلی از بیماری کرون شناخته شد.
بین سال‌های ۱۹۳۰ و ۱۹۵۰ دریافتند که بیماری كرون در سرتاسر دستگاه گوارش رخ می‌دهد این بیماری در مری، معده، دئودئوم و ژژنوم توصیف شده است. بعلاوه در این دوران بیماران کرونی با سن ۸۰ سال و بیماران زیادی با سن کمتر از ۱۰ سال شناسایی شدند. چارلز ولز نخستین کسی بود که بیماری کرون را با زخم‌های پراکنده (یک منطقه سالم از روده بین دو ناحیه بیمار از روده) مرتبط کرد؛ و در سال ۱۹۵۶، جراحی رئیس‌جمهور آیزنهاور سبب شناخت گسترده‌تر بیماری کرون شد.
با توجه به مطالب ذکرشده به نظر می‌رسد که بیماری‌های التهابی روده از صدها سال قبل و یا بیشتر وجود داشته و از یک بیماری کشنده در طول سال‌ها به یک بیماری مزمن کنترل شده تبدیل‌شده و تاریخ آن شامل اکتشافات و پیشرفت‌های بسیار بوده با این حال و با وجود پیشرفت‌های بسیار علت این بیماری و راه‌های درمان آن به‌طور کامل شناخته نشده است.